Quand on pense digestion, on imagine souvent l’estomac et ses sucs. Pourtant, une partie importante du travail se fait bien plus loin, dans le côlon, grâce à des milliards de bactéries. Ce sont elles qui s’occupent de ce que votre organisme ne sait pas digérer seul.

Dans ce deuxième volet de notre dossier, nous suivons le trajet de vos aliments pour comprendre le lien entre microbiote et digestion. Vous verrez ce que vos bactéries font des fibres, les autres services qu’elles vous rendent, ce qui peut les perturber et, surtout, comment les nourrir au quotidien.

Le trajet de vos aliments : où intervient le microbiote ?

Vos aliments traversent plusieurs étapes, et chacune abrite une quantité de bactéries très différente. Selon l’Inserm, on compte environ :

• dans l’estomac, milieu acide et oxygéné : de 10 à 1 000 bactéries par millilitre ;
• dans l’intestin grêle : de 10 000 à 10 millions de bactéries par millilitre ;
• dans le côlon, sans oxygène ni acidité : de 10 à 10 000 milliards de bactéries par millilitre.

L’estomac et l’intestin grêle font l’essentiel de la digestion « classique » : ils découpent les protéines, les graisses et une grande partie des glucides, puis les nutriments passent dans le sang.

Mais certains composants arrivent intacts dans le côlon. C’est le cas des fibres alimentaires, que nos propres enzymes ne savent pas découper. Elles deviennent alors le repas de votre microbiote.

Microbiote et digestion : le grand travail de fermentation

Vos bactéries possèdent tout un arsenal d’enzymes dont les cellules humaines sont dépourvues. Grâce à elles, elles décomposent l’amidon résistant, la cellulose et d’autres glucides complexes issus des végétaux. C’est ce qu’on appelle la fermentation.

Cette fermentation produit notamment des acides gras à chaîne courte (on les appelle aussi AGCC). Ce sont de petites molécules utiles à tout l’organisme. Les trois principales sont l’acétate, le propionate et le butyrate.

Le butyrate, carburant de votre intestin

Le butyrate mérite une mention spéciale. Il est la principale source d’énergie des cellules qui tapissent votre côlon. Autrement dit, en mangeant des fibres, vous nourrissez vos bactéries… qui nourrissent à leur tour la paroi de votre intestin.

Les chercheurs lui attribuent aussi un rôle dans le maintien de la barrière intestinale et le contrôle de l’inflammation. Nous y reviendrons dans l’article consacré à l’immunité.

Des gaz, signe d’un microbiote au travail

La fermentation produit aussi des gaz. C’est normal : c’est la preuve que vos bactéries travaillent. Quand on augmente brutalement sa consommation de fibres, ces gaz peuvent devenir gênants. D’où l’intérêt d’y aller progressivement, comme nous le verrons plus bas.

D’autres services rendus à votre organisme

La fermentation des fibres n’est pas le seul talent de votre microbiote. D’après l’Inserm, vos bactéries intestinales :

• participent à la fabrication de la vitamine K et de certaines vitamines du groupe B ;
• produisent trois acides aminés essentiels (la valine, la leucine et l’isoleucine) ;
• aident à réguler l’absorption de certains acides gras, du calcium et du magnésium.

Elles influencent aussi le fonctionnement du tube digestif lui-même. Chez des animaux élevés sans aucun microbiote, les mouvements de l’intestin sont ralentis et sa paroi est moins bien développée. Ces animaux ont même besoin de 20 à 30 % d’énergie en plus pour fonctionner.

Une partie de ces effets passe par la sérotonine. Ce messager chimique est surtout fabriqué dans l’intestin, et certaines bactéries stimulent sa production. Selon une étude publiée dans Cell en 2015, cette sérotonine intestinale aide notamment à régler les mouvements du tube digestif.

Quand l’équilibre se dérègle

Un microbiote déséquilibré, ou dysbiose, peut perturber ces fonctions. Les chercheurs l’étudient dans de nombreuses maladies digestives, comme les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Mais le sens du lien reste souvent à préciser : le déséquilibre peut être une cause, une conséquence, ou les deux à la fois.

Parmi les facteurs qui peuvent bousculer votre microbiote, l’Inserm cite :

• les antibiotiques, surtout répétés ;
• une alimentation trop riche en sucres et en graisses saturées ;
• les aliments ultra-transformés et certains additifs ;
• les infections intestinales, de façon passagère.

Concernant les additifs, des travaux de l’Inserm suggèrent que certains émulsifiants alimentaires augmentent le pouvoir agressif de certaines bactéries et le risque d’inflammation intestinale. Une bonne raison de privilégier les aliments peu transformés.

Ballonnements occasionnels ou transit un peu irrégulier font partie de la vie. En revanche, si vos troubles digestifs durent, s’aggravent ou s’accompagnent d’autres signes (douleurs, perte de poids inexpliquée, sang dans les selles), consultez votre médecin.

Nourrir son microbiote pour mieux digérer

Bonne nouvelle : votre microbiote réagit à ce que vous mangez. Voici les leviers les plus simples.

Atteignez peu à peu les 30 grammes de fibres

En France, l’apport conseillé est de 30 grammes de fibres par jour pour un adulte. La consommation moyenne se situe autour de 20 grammes. Il reste donc de la marge.

Les meilleures sources sont :

• les légumineuses : lentilles, pois chiches, haricots ;
• les céréales complètes : pain complet, flocons d’avoine, riz complet ;
• les légumes et les fruits, de préférence avec la peau quand elle se mange ;
• les oléagineux : amandes, noix, noisettes.

Les fruits ont d’ailleurs bien d’autres atouts pour votre ventre, à découvrir dans Fruits et digestion.

Allez-y progressivement et buvez

Le CHU de Rouen conseille d’augmenter sa consommation de fibres progressivement pour limiter les désagréments. Ajoutez par exemple une portion de légumineuses par semaine, puis deux, plutôt que de tout changer d’un coup. Les légumes cuits sont souvent mieux tolérés que crus au début.

Les fibres ont aussi besoin d’eau pour bien jouer leur rôle sur le transit. Pour savoir où vous en êtes, consultez Combien d’eau boire par jour ?.

Variez les sources

Chaque fibre nourrit des bactéries différentes. Plus vos végétaux sont variés, plus vous donnez de chances à un microbiote riche. Nous en parlons plus en détail dans le premier article du dossier, Microbiote intestinal.

Ajoutez une touche de fermenté

Yaourt nature, kéfir, choucroute crue ou légumes lacto-fermentés apportent des micro-organismes vivants. En petite quantité au début, ils complètent bien une assiette riche en fibres.

Conclusion

Votre digestion ne s’arrête pas à l’estomac. Dans le côlon, vos bactéries fermentent les fibres, produisent des acides gras qui nourrissent votre intestin, participent à la fabrication de vitamines et influencent même votre transit.

Pour les aider, le plus efficace reste une alimentation riche en fibres variées, peu transformée, accompagnée d’une bonne hydratation.

Votre action simple de la semaine : ajoutez une portion de légumineuses à l’un de vos repas, par exemple des lentilles en salade ou des pois chiches dans une soupe. La semaine suivante, passez à deux.

Le dossier microbiote : 1. Microbiote intestinal · 2. Microbiote et digestion (vous êtes ici) · 3. Microbiote et immunité · 4. Axe intestin-cerveau

Illustrations générées par IA.